系统科学研究所位于华侨大学厦门校区，是华侨大学于2016年4月批准成立的校属科研机构，所长为闽江学者特聘教授郑志刚。华侨大学系统科学研究所为联合国教科文组织(UNESCO)数字校园复杂系统团体(Complex Systems Digital Campus University Twinning)的创始人成员。
        系统科学是研究复杂系统的结构与功能关系、演化和调控规律的科学，是一门新兴的综合性、交叉性学科。研究所致力于从非平衡和复杂系统的自组织理论与非线性动力学出发，加强包括物理、生命、化学、经济与社会科学等诸多领域在内的学科交叉和学科整合，发展系统理论及其应用。
        研究所现有教职员工17人，其中教授6人，副教授7人，中级职称3人，中级管理人员1人。研究团队来自物理学、数学等不同学科背景，是一支国际化的高水平年轻学术科研队伍。现有团队成员中，有国家高端外国专家1人，教育部高校青年教师奖1人，教育部新世纪优秀人才1人，福建省闽江学者特聘教授2人，2人入选福建省百人计划，2人入选福建省高层次领军人才，3人入选省高等学校新世纪优秀人才支持计划，3人入选省高校杰出青年科研人才培育计划。
        研究所成员目前承担着20多项国家自然科学基金和省部级基金项目研究任务，研究经费超过1200万元。团队成员近几年在《现代物理评论》，《物理评论快报》等国内外高水平杂志上发表了一批高水平、有国际影响的科学研究成果，出版科学专著2部。成员在多个国内国际学术会议做邀请报告，研究成果受到了广泛关注。另外研究所主办或承办了如Dynamics Days Asia Pacific 10等多次国内和国际学术会议，在国内外产生了积极的学术影响。